Rodrigo Caio teve uma trajetória notável no Flamengo. Ele foi contratado pelo clube no dia 29 de dezembro de 2018, quando tinha 25 anos. Na negociação, o Flamengo pagou 5 milhões de euros ao São Paulo para adquirir 45% dos direitos econômicos do atleta. Durante sua passagem pelo Flamengo, Rodrigo Caio disputou 150 jogos e marcou 6 gols. Sua despedida do Maracanã ocorreu hoje (03 de dezembro), contra o Cuiabá.
No Flamengo, Rodrigo Caio conquistou uma série de títulos importantes. Ele foi parte fundamental na conquista de 3 títulos internacionais, incluindo uma Recopa Sul-Americana e duas Copas Libertadores. Além disso, contribuiu para o sucesso do clube em competições nacionais, conquistando 2 Campeonatos Brasileiros, 1 Copa do Brasil e 2 Supercopas do Brasil, além de 3 títulos do Campeonato Carioca.
Recentemente, o portal Gávea News apurou que dois clubes rivais do Flamengo estão interessados em contratar Rodrigo Caio para a temporada de 2024: Grêmio e Cruzeiro. Porém, o jogador decidiu iniciar negociações apenas após o término do Campeonato Brasileiro, demonstrando respeito à torcida do Flamengo.
O Grêmio apresenta como vantagem a oportunidade de disputar a Copa Libertadores e o fato de Rodrigo Caio já ter trabalhado com Renato Gaúcho no próprio Flamengo. Por outro lado, no Cruzeiro, ele enfrentaria menos concorrência interna e poderia se tornar uma referência no sistema defensivo do clube, apesar de não participar da Copa Libertadores.